תכניות המחקר במרכז כוללות שיתופי פעולה רב תחומיים בין הפקולטות השונות ומקיפות פרויקטי מחקר בסיסיים, קליניים וביו-רפואיים. פרויקטים אלה מנוהלים על ידי חוקרי המרכז ונעשים בשיתוף פעולה עם גורמים לאומיים ובינלאומיים, תוך התמקדות בהבנת התפקודים ההתפתחותיים והמנגנונים העומדים בבסיס הפרעת האוטיזם, תוך בניית מסד נתונים העוקב אחר התפתחות לאורך השנים.
תחומי ההתמחות של החוקרים שלנו נעים בין יסודות התפתחות המוח, גנטיקה של אוטיזם, השוואות פיזיולוגיות ומולקולאריות בין ASD לבין הפרעות נוירו-התפתחותיות אחרות, ומדע התנהגותי הכולל אפיון של ASD בגילאים שונים, מחקרי אורך העוקבים אחר מסלולים התפתחותיים ופרופילים התנהגותיים מובחנים בגילאים שונים, כמו גם מיפוי, אבחון, חקר ליבה ותכונות הקשורות ל- ASD, התנסות בני משפחה המתמודדים עם ASD והערכת מתן שירות.
בנוסף למאמציו הנוכחיים של כל חוקר, אחת המטרות המרכזיות של המרכז לאוטיזם היא לטפח שיתופי פעולה מחקריים רב תחומיים וחדשניים בניסיון לענות בצורה טובה יותר על שאלות ליבה בתחום ה- ASD ולתרגם ידע זה למסגרות יישומיות. לשם כך, המרכז פיתח מדיניות ברורה של איסוף נתונים קליניים ופיתוח פרויקטים מחקריים אחרים שיעמדו לרשות החוקרים במרכז לאוטיזם. שיתוף הנתונים מייצג את אמונתנו: ככל שאנו חולקים יותר, כך אנו יודעים יותר.